Die Konstruktkarte stellt das Konstrukt graphisch dar, als Linie oder Kreis, je nachdem, ob das Konstrukt linear oder circulär ist. Auch werden Features und Restriktionsschnittstellen eingetragen.
Ein Doppelklick mit der linken Maustaste auf eine freie Stelle der Plasmidkarte zeigt die Eigenschaften des Konstrukts dar, und lässt deren Bearbeitung zu.
Im Vektor kann man mit der linken Maustaste einen Teil der Sequenz markieren.
Features sind definierte Bereiche des Konstrukts, wie z.B. Gene, codierende Sequenzen, oris (Origin of Replication). Diese werden farbig dargestellt.
Über die linke Maustaste, die Menüs bzw. Kontextmenüs (mit der rechten Maustaste auf Features klicken) können mehrere Aktionen ausgeführt werden:
Restriktionsschnittstellen sind die Positionen in der Sequenz, an denen eines oder meherer der vorher festgelegten Restriktionsenzyme schneiden können.
Über die linke Maustaste, die Menüs bzw. Kontextmenüs (mit der rechten Maustaste auf die Restriktionsschnittstelle klicken) können mehrere Aktionen ausgeführt werden:
Die Sequenz des Konstrukts enthält mehrere Zeilen, je nach Einstellungen:
Über das Menü "Ansicht/Aminosäuren darstellen" kann die Ansicht der Aminosäuren verändert werden. Sie können entweder ganz ausgeblendet werden, in allen drei Leserastern als Ein-Buchstaben-Code dargestellt werden, per manuell festgelegtem Leseraster als Drei-Buchstaben-Code dargestellt werden, oder auf bekannte Leseraster beschränkt werden. Letztere finden sich z.B. für kodierende Sequenzen in GenBank-Dateien. Sind solche bekannten Leseraster vorhanden, wird beim Aufrufen eines Konstrukts der "nur bekannte Leseraster"-Modus verwendet, sonst der Ein-Buchstaben-Code.
Die Sequenz kann über das Menü "Ansicht/Editiermodus" (oder über die Taste "F2") zwischen Darstellungs- und Editiermodus umgeschaltet werden. Im Editiermodus füllt die Sequenz das gesamte Fenster aus. Die Sequenz kann nun wie in einer Textverarbeitung bearbeitet und verändert werden. Der Cursor kann mit Hilfe der Cursortasten oder der Maus bewegt werden.